A Pró-Reitoria de Ensino (Proen) é responsável pelas atividades e políticas de ensino em diversas modalidades, bem como por ações de assistência ao educando, com base na Política Nacional de Assistência Estudantil. Entre as suas competências estão o acompanhamento e a avaliação das atividades pedagógicas, elaboração das diretrizes e dos regulamentos dos cursos oferecidos pelo IFBA, bem como o desenvolvimento dos processos seletivos acadêmicos e registros acadêmicos dos discentes.