De acordo com o Art. 4º do Regimento Geral do IFBA, aprovado pela Resolução 26 do Conselho Superior (Consup), em 27/06/2013, a administração do Instituto Federal da Bahia é feita por seus órgãos colegiados, pela Reitoria e pela Direção Geral dos campus, apoiada em uma estrutura organizacional que define a integração, a articulação e a cooperação dos diversos órgãos situados em cada nível.
Em seu Art. 5º, destaca a lista dos seis órgãos colegiados do IFBA:
